Компетенция учредителя в области управления автономным учреждением установлена ст. 9 Закона об автономных учреждениях.
Надзор за деятельностью автономной некоммерческой организации осуществляют ее учредители в порядке, предусмотренном ее учредительными документами. Учредители автономной некоммерческой организации могут пользоваться ее услугами только на равных условиях с другими лицами.
Некоммерческие организации могут добровольно объединяться в ассоциации (союзы) некоммерческих организаций. Ассоциация (союз) некоммерческих организаций является некоммерческой организацией.
Члены ассоциации (союза) сохраняют свою самостоятельность и права юридического лица. Ассоциация (союз) не отвечает по обязательствам своих членов. Члены ассоциации (союза) несут субсидиарную ответственность по обязательствам этой ассоциации (союза) в размере и в порядке, предусмотренных ее учредительными документами [8, С.10].
Учредитель дает автономному учреждению задания исходя из предусмотренной в его уставе основной деятельности. Основная деятельность автономного учреждения может осуществляться на основе указанных заданий учредителя и обязательств перед страховщиками за плату и бесплатно. Кроме того автономное учреждение по своему усмотрению вправе выполнять работы, оказывать услуги, относящиеся к его основной деятельности, для граждан и юридических лиц за плату и на одинаковых при оказании однородных услуг условиях в порядке, установленном федеральными законами. Автономное учреждение вправе осуществлять иные виды деятельности лишь постольку, поскольку это служит достижению целей, ради которых оно создано, при условии, что такие виды деятельности указаны в его уставе (п. 6, 7 ст. 4 Закона об автономных учреждениях).
В соответствии с общими правилами, установленными п. 2 ст. 120 ГК РФ, ответственность учреждения по его обязательствам ограничена находящимися в его распоряжении денежными средствами. При недостаточности денежных средств субсидиарную ответственность несет собственник имущества учреждения.
Автономное учреждение несет ответственность по своим обязательствам всем принадлежащим ему имуществом, за исключением закрепленного за ним собственником или приобретенного автономным учреждением за счет целевых средств, выделенных ему собственником недвижимого и особо ценного движимого имущества (п. 4 ст. 2 Закона об автономных учреждениях). В данном случае федеральным законодательством определяется имущество, на которое не может быть обращено взыскание в исполнительном производстве по долгам автономного учреждения. Собственник не несет ответственности по долгам автономного учреждения. Учреждение не отвечает по обязательствам собственника.
В соответствии с действующим законодательством о банкротстве автономное учреждение не может быть признано несостоятельным (банкротом). Республика Татарстан к реформированию сети бюджетных организаций приступила одной из первых в России. Одновременно в Татарстане была принята программа реформирования региональных финансов республики на 2007-2009 годы, основной целью которой стало повышение эффективности использования бюджетных средств на оказание государственных услуг путем внедрения нормативно-подушевого принципа их финансирования, а также совершенствование системы учета потребности в объемах, инфраструктуре предоставления и качестве оказываемых государственных услуг. В настоящее время в Республике Татарстан уже более 150 государственных учреждений работают как автономные. В муниципальных образованиях республики создано почти 400 муниципальных автономных учреждений. Общий годовой объем субсидий составил порядка 6 млрд. руб. При этом тенденция к увеличению числа бюджетных организаций, переходящих на автономию, сохраняется [15, С.6].