Автономное учреждение относится к юридическим лицам, обладающим специальной правоспособностью. В соответствии с Законом об автономных учреждениях основной деятельностью автономного учреждения признается деятельность, непосредственно направленная на достижение целей, ради которых такое учреждение создано (п. 1 ст. 4). Оно функционирует в соответствии с задачами, определенными федеральными законами и уставом, путем выполнения работ, оказания услуг в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта.
Учредитель дает автономному учреждению задания исходя из предусмотренной в его уставе основной деятельности.
Автономное учреждение также несет перед страховщиками обязательства, связанные с обязательным социальным страхованием.
Основная деятельность автономного учреждения может осуществляться на основе заданий учредителя и обязательств перед страховщиками за плату и бесплатно. Кроме того автономное учреждение по своему усмотрению вправе выполнять работы, оказывать услуги, относящиеся к его основной деятельности, для граждан и юридических лиц за плату и на одинаковых при оказании однородных услуг условиях в порядке, установленном федеральными законами. Автономное учреждение вправе осуществлять иные виды деятельности лишь постольку, поскольку это служит достижению целей, ради которых оно создано, при условии, что такие виды деятельности указаны в его уставе (п. 6, 7 ст. 4 Закона об автономных учреждениях).
В соответствии с общими правилами, установленными п. 2 ст. 120 ГК РФ, ответственность учреждения по его обязательствам ограничена находящимися в его распоряжении денежными средствами. При недостаточности денежных средств субсидиарную ответственность несет собственник имущества учреждения.
Автономное учреждение несет ответственность по своим обязательствам всем принадлежащим ему имуществом, за исключением закрепленного за ним собственником или приобретенного автономным учреждением за счет целевых средств, выделенных ему собственником недвижимого и особо ценного движимого имущества (п. 4 ст. 2 Закона об автономных учреждениях). В данном случае федеральным законодательством определяется имущество, на которое не может быть обращено взыскание в исполнительном производстве по долгам автономного учреждения. Собственник не несет ответственности по долгам автономного учреждения. Учреждение не отвечает по обязательствам собственника.
Закон не предусматривает гарантий обеспечения автономного учреждения имуществом, достаточным для осуществления им своей деятельности и на которое может быть обращено взыскание.
В соответствии с действующим законодательством о банкротстве автономное учреждение не может быть признано несостоятельным (банкротом).